根据《关于内蒙古自治区林业厅所属事业单位“五定”方案的批复》（内机编发[1995]54号）、《关于自治区林木种苗站挂自治区林木种苗质量监督检验站和调整处级领导职数的批复》（内机编发[2008]35号）、《关于自治区林业厅所属事业单位调整规范意见的批复》（内机编办发[2012]110号），内蒙古自治区林木种苗站主要职能和职责任务：

1.宣传和贯彻执行国家及自治区有关林木种苗的法律、法规和方针、政策和技术标准。

2.编制并组织实施全区林木种苗生产建设发展规划和年度计划。

3.承担全区林木种苗专项资金管理工作，组织储备林木种苗。

4.承担全区林木种苗生产、经营、使用的监督管理工作。

5.承担全区林木种苗行政执法工作，依法查处林木种苗行政案件。

6.承担全区林木引种、种质资源管理和林木良种选育、审定及推广工作。

7.承担全区林木种苗质量监督、检验和管理工作。

8.承担全区质检执法人员、管理人员的培训、考核工作。全区林木种苗质检机构考核发证工作。

9.承担全区林木种苗基地建设与管理工作。